In den 80er und 90er Jahren war Chlor ein sehr häufig eingesetztes Element in vielen verschiedenen Produktionsprozessen. Heute wird vermehrt auf Alternativen zurückgegriffen, weil Chlor sich als teilweise gesundheitsschädlich und zudem als umweltschädlich herausgestellt hat. Besonders dann, wenn Chlor mit organischen Stoffen zusammen gebracht wird, entstehen Stoffe, die ökologisch und vom Standpunkt der allgemeinen Gesundheit aus bedenklich zu nennen sind. Deutlich wird dies daran, dass heute etwa ein Drittel aller Stoffe, die auf der Liste der gesundheitsgefährdenden Arbeitsmaterialien (MAK-Liste) und die als krebserregend gelten, Verbindungen sind, in denen in irgendeiner Weise auch Chlor vorkommt. Zu diesen chlorhaltigen Mitteln gehören verschiedene Lösungsmittel und Pestizide. Auch FCKW, welches heute wegen seiner erwiesenen Umweltschädlichkeit fast nicht mehr verwendet wird und PVC, das als Baustoff noch immer Verwendung findet, sind chlorhaltig. Das Bleichen von Papier wird heute weitestgehend chlorfrei durchgeführt. Man erkennt also deutlich den Trend der Wirtschaft weg vom Chlor, hin zu ungefährlicheren Stoffen. Dabei war Chlor lange ein sehr beliebter Stoff, weil er schwer zu entzünden ist, sehr gut Fette löst und weil er sehr beständig und stabil ist, was für viele Prozesse in der Wirtschaft und Industrie wichtig ist.
Die meisten Säugetiere, darunter auch der Mensch, haben eine gewisse natürliche Fähigkeit, giftige Stoffe, wie auch Chlor abzubauen. Das jedoch nur bis zu einem bestimmten Maß. Bei übermäßiger Aussetzung des Körpers wird das Chlor nur unzureichend abgebaut und im Körper bleiben Abbauprodukte und Reste zurück, die sich negativ auf die Organe, auf das Immunsystem, auf die Fruchtbarkeit und hingegen positiv auf die Entwicklung von Krebszellen auswirken. Diese negativen Auswirkungen sind vermehrt bei Menschen zu beobachten, die beruflich und damit tagtäglich hohen Konzentrationen von Chlor ausgesetzt sind, aber auch bei Menschen, die in ihrer Freizeit und nur sporadisch mit Chlor in Berührung kommen. Man kann sich kaum vor dem Kontakt mit Chlor schützen, denn sogar in Kleidungsstücken finden sich zum Teil chlorhaltige Moleküle, die von Bleichmitteln herstammen. In Schwimmbädern wird Chlor noch immer als Standardprodukt zur Desinfizierung benutzt.
Chlororganische Stoffe wirken sich zudem auf das menschliche Hormonsystem aus. Es kommt vor, dass sich Chlorverbindungen im Körper ähnlich wie menschliche Hormone auswirken oder dass die Wirkung von zum Beispiel Steroiden oder Sexualhormonen wie Östrogen und Testosteron beeinträchtigt oder beeinflusst wird. Chlororganische Stoffe können die Rezeptoren der Zellen für diese Hormone aktivieren oder blockieren, was beides zu unterschiedlichen Reaktionen und zu Störungen des normalen Hormionhaushaltes führen kann. Es wurde auch schon eine Beeinträchtigung des Schilddrüsenhormonspiegels beobachtet. Leber, Nieren und Lunge reagieren unter Einfluss von chlorhaltigen Stoffen oft mit einer deutlich eingeschränkten Funktion und mit verschiedenen Störungen. Wissenschaftler führen teilweise die Entstehung von Hodenkrebs oder die Verringerung der Zahl der Spermien auf den Einfluss von Chlor zurück, wobei dies nur auf Indizien und noch nicht auf fundierten Studien basiert. Fundierter sind die Ergebnisse von Studien, die Männer untersucht haben, welche beruflich Chlor ausgesetzt sind und ein erhöhtes Krebsrisiko aufwiesen. Auch auf Embryonen wirkt sich der Kontakt mit Chlor und chlorhaltigen Stoffen gesundheitsschädlich. Es kommt zu Verzögerungen im Wachstum und zu anderen Entwicklungsstörungen. Dies haben Wissenschaftler in den USA nach einem Unfall in einer Chlorfabrik in der Umgebung der Fabrik festgestellt. Besonders Dioxine und Vinylchlorid spielen bei Krebserkrankungen immer wieder eine Rolle.
Nachgewiesenermaßen ist Chlor in seinen verschiedenen Erscheinungsformen also weder für den Menschen noch für die Umwelt ungefährlich. Die Industrie reagiert bereits damit, dass sie Alternativen nutzt, wo immer das möglich und wirtschaftlich ist. Man sollte also im Umgang mit Chlor auch im eigenen Swimmingpool sparsam und vorsichtig sein. Natürlich ist Chlor ein wirksames Desinfektionsmittel, weshalb es auch noch immer gerne verwendet wird, aber man sollte unter allen Umständen den direkten Kontakt vermeiden und das gechlorte Wasser nicht trinken oder in die Augen gelangen lassen.